Среда, 20.09.2017, 03:25
КАФЕДРА ОБЩЕЙ ГИГИЕНЫ
КУРСКОГО ГОСУДАРСТВЕННОГО МЕДИЦИНСКОГО УНИВЕРСИТЕТА
Всё в руках человека!.. Поэтому мойте их чаще. Станислав Ежи Лец
Главная Мой профильРегистрация ВыходВход
Вы вошли как Гость · Группа "Гости"Приветствую Вас, Гость · RSS
Меню сайта
Категории раздела
Актуальные вопросы безопасности пищевых продуктов на современном этапе [5]
Актуальные проблемы эпидемиологии инфекционных и неинфекционных заболеваний [13]
Гигиеническое обучение и воспитание на современном этапе [3]
Организация, становление и развитие Государственной санитарно-эпидемиологической службы в России [3]
Подготовка специалистов медико-профилактического профиля [9]
Современные проблемы экологии человека и гигиены окр.среды и обеспеч.сан.-эпид.благополуч. населения [13]
Оценка влияния факторов окружающей среды на здоровье населения [18]
Система санитарно-гигиенического мониторинга [15]
Состояние здоровья как фактор национальной безопасности страны [9]
Конференции
III Всероссийская дистанционноая интернет- конференция с международным участием «Окружающая среда и здоровье населения»

АРХИВ КОНФЕРЕНЦИЙ
Рекламный блок
Статистика

Онлайн всего: 1
Гостей: 1
Пользователей: 0
Форма входа
Найти на сайте
 Информация
Главная » Статьи » Конференция » Актуальные проблемы эпидемиологии инфекционных и неинфекционных заболеваний

КОНСТРУИРОВАНИЕ БИБЛИОТЕКИ ВАРИАБЕЛЬНЫХ ФРАГМЕНТОВ BURKHOLDERIA MALLEI НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА АННОТИРОВАННЫХ ГЕНОМОВ.

КОНСТРУИРОВАНИЕ БИБЛИОТЕКИ ВАРИАБЕЛЬНЫХ ФРАГМЕНТОВ BURKHOLDERIA MALLEI  НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА АННОТИРОВАННЫХ ГЕНОМОВ

 

Савченко С.С.1, Антонов В.А.1,2, Сорокина Ю.И.1, Кононов В.Е.2

 

1 Федеральная  служба  по надзору  в сфере защиты  прав потребителей и благополучия человека

Федеральное государственное учреждение здравоохранения «Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт»

2 Федеральное агентство по здравоохранению и социальному развитию

Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования

«Волгоградский государственный медицинский университет»

Волгоград, Российская Федерация

Использование молекулярно-генетических методов в диагностике и внутривидовом типировании патогенных микроорганизмов открыло новые перспективы в таксономических исследованиях при уточнении их систематического положения, а в молекулярной эпидемиологии - установлении источника инфекции и дифференциации природных вспышек бактериальных инфекций от вспышек искусственного происхождения.  

В современных условиях быстроразвивающихся новых технологий традиционно используемые методы типирования штаммов микроорганизмов, постоянно дополняются новыми молекулярно-биологическими подходами, дающими возможность оценить индивидуальные особенности структуры ДНК микроорганизмов, устанавливать степень родства, определять геномный полиморфизм штаммов с применением методов компьютерного анализа.

Оптимальные схемы и методы дифференциации, основанные на вариабельности либо фенотипических, либо генотипических признаков штаммов разработаны уже для многих видов микроорганизмов, в том числе возбудителей особо опасных инфекций. Однако исследования, направленные на поиск простых и высокоэффективных методов внутривидовой дифференциации штаммов B. mallei -  возбудителя сапа, продолжаются до настоящего времени.

Целью данной работы явился поиск вариабельных фрагментов генома Bmallei для их использования в качестве ДНК-маркеров при создании высокоэффективных систем внутривидового типирования.

В ходе проведенных исследований были проанализированы 4 аннотированных штаммов Bmallei ATCC 23344, B.mallei NCTC 10247, B.mallei NCTC 10229, B.mallei SAVP1, доступные в генетических базах данных (EMBL, GenBank, DDBJ) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/].

Геном B. mallei представлен двумя хромосомами,  кольцевыми двуцепочечными молекулами ДНК размером ~3,5 млн.п.н. и ~2 млн.п.н. соответственно.


Рисунок №1. Структурная и организация хромосом B. mallei.


Исследуемые хромосомы анализируемых штаммов Bmallei сравнивались между собой c учетом блочной реорганизации. Поиск вариабельных нуклеотидных последовательностей геномов возбудителя сапа проводился как внутри отличающихся блоков, так и вне вошедших в гомологичные блоки участках ДНК.



Рисунок 2. Схема структурной реорганизации первой (А) и второй (Б) хромосом четырех штаммов Bmallei.

На рисунке 2 показана реаранжировка геномов четырех штаммов возбудителя сапа. Как видно из рисунка, гомологичные блоки занимают практически всю протяженность первой хромосомы, в то время как на второй хромосоме имеются значительные участки ДНК, на которых совпадающие фрагменты полностью отсутствуют.

Схема сравнения хромосом четырех штаммов возбудителя сапа была приближена до нуклеотидных последовательностей. В результате проведенного исследования на основе координат негомологичных последовательностей получена полная библиотека вариабельных фрагментов генома Burkholderia mallei.

Из сформированной библиотеки аннотированных геномов штаммов Bmallei с использованием программы  Аrtemis v7,1 найдено соответствие дифференцирующих участков хромосом с определенными генами, а также их функциями.


Рисунок 3. Функциональная организация хромосомы 1 Burkholderia mallei (Аrtemis v7,1).

В результате сравнения полной библиотеки вариабельных фрагментов двух хромосом генома B. mallei, выявлено, что первая хромосома имеет большое количество вариабельных участков (1049), на второй же их значительно меньше (556). В тоже время, количество вариабельных фрагментов, содержащих менее 15 нуклеотидов, преобладало  на второй хромосоме.

Как оказалось, вторая хромосома содержала и большее количество вариабельных фрагментов, приходящихся на кодирующие участки генома (рис. 4). Анализ вариабельных участков ДНК на наличие SSR-элементов (simple sequence repeats, простые повторяющиеся последовательности) показал, что на первой хромосомы присутствует значительно больше повторов, чем во второй хромосоме.


Рисунок 4.  Сравнительная характеристика вариабельных фрагментов первой (А) и второй (Б) хромосом B. mallei.

Таким образом, в результате исследований получена и охарактеризована полная библиотека вариабельных фрагментов B. mallei,  которая может быть использована в качестве ДНК-маркеров при создании высокоэффективных систем внутривидового типирования.

 



Категория: Актуальные проблемы эпидемиологии инфекционных и неинфекционных заболеваний | Добавил: Алексей (29.03.2010)
Просмотров: 2131 | Рейтинг: 4.5/15
Всего комментариев: 0
Добавлять комментарии могут только зарегистрированные пользователи.
[ Регистрация | Вход ]
Copyright ksmumpf group © 2017
Choose language
Английский Белорусский Немецкий
Облако
Войти в почту
Логин:
Пароль:

Соц. закладки